A administração dos Institutos Federais terá como órgãos superiores o Colégio de Dirigentes e o Conselho Superior, sendo o primeiro presidido pelo Diretor-Geral de um dos campi do Instituto e o segundo por um dos Pró-Reitores.

Foram criados quatro Institutos Federais no Estado do Rio Grande do Sul.

Os Reitores dos Institutos Federais serão nomeados pelo Presidente da República, para mandato de 4 (quatro) anos, permitida uma recondução, após processo de consulta à comunidade escolar do respectivo Instituto Federal, atribuindo-se o peso de 1/3 (um terço) para a manifestação do corpo docente, de 1/3 (um terço) para a manifestação dos servidores técnico-administrativos e de 1/3 (um terço) para a manifestação do corpo discente.

Todas as instituições que compõem a Rede Federal de Educação Profissional, Científica e Tecnológica possuem natureza jurídica de autarquia, sendo detentoras de autonomia administrativa, patrimonial, financeira, didático-pedagógica e disciplinar.

No âmbito do ensino superior de pós-graduação, somente os cursos stricto sensu podem ser ofertados pelos Institutos Federais.