O controle de estoque deve ser realizado apenas na Central de Abastecimento Farmacêutico (CAF).

Para o perfeito gerenciamento do estoque, é facultativo registrar todas as operações realizadas (entradas e saídas).

A forma de controle, adotada para a obtenção de informações referentes ao estoque de medicamentos, deve ser exclusivamente informatizada.

A realização do inventário permite verificar as divergências entre os registros e o estoque físico.

Existem vários sistemas informatizados para gerenciamento de estoques. Uma das vantagens do uso desses sistemas é que eles eliminam a necessidade de conferência para o acerto das divergências entre o estoque físico e o estoque registrado no sistema informatizado.