O SIAFI garante a segurança da informação pelo princípio do sistema de segurança, navegação e habilitação – senha com diferentes níveis de acesso, sendo que cada usuário, para utilizá-lo, deve estar cadastrado e habilitado e com senha intransferível fornecida pelo órgão do qual o servidor faz parte.

O SIAFI não se integra a outros sistemas do setor público, como por exemplo: Sistema Integrado de Dados Orçamentários – SIDOR; Sistema Integrado de Administração de Serviços Gerais – SIASG; Sistema Integrado de Administração de Recursos Humanos – SIAPE; Sistema de Patrimônio Imobiliário da União – SIPIU.

O SIAFI foi concebido para se estruturar por um único exercício, sendo que cada ano equivale a um módulo diferente, que, por sua vez, está organizado em sistemas, que agregam transações com características comuns.

O SIAFI tem como um de seus objetivos padronizar métodos e rotinas de trabalho relativas à gestão dos recursos públicos, implicando obrigatoriamente a rigidez ou restrição a essa atividade, uma vez que ele permanece sob total controle do ordenador de despesa de cada unidade gestora.