Tecnologias eficientes para a purificação de proteínas são um pré-requisito quando se utiliza plantas e animais como biofábricas para a produção de proteínas recombinantes. Marcadores de afinidade, como o His ou epitopo FLAG, têm sido utilizados para facilitar os processos de purificação, sem causar qualquer alteração na estrutura primária e na função da proteína produzida.