Caso proteínas marcadas com isótopos estáveis (15N ou 13C) estejam disponíveis, a espectrometria de massas em série pode ser adotada a partir da comparação direta dos íons obtidos na amostra problema e na amostra controle isotopicamente marcada.

Quando abordagens de massa exata / alta resolução (espectrometria de massas) forem adotadas, a massa obtida experimentalmente deve diferir no máximo 0,2 Da da massa calculada para a sequência de aminoácido ou peptídeo alvos da análise.

Quando abordagens de baixa resolução (espectrometria de massas) forem adotadas, a massa calculada a partir do envelope de íons de múltiplas cargas deve diferir no máximo em 0,5 Da da massa calculada para a sequência de aminoácido ou peptídeo alvos da análise.

Durante o processo de validação do método analítico, a sequência de aminoácidos da proteína alvo deve ser verificada frente a um banco de dados (de sequência), de modo a assegurar que a combinação de sequência de peptídeos utilizada para a identificação seja única para a proteína em questão.

A abundância relativa dos íons obtidos (espectrometria de massas em série) deve ser comparada com um padrão de proteínas (controle de qualidade) analisadas no mesmo lote.