O protocolo de gerenciamento típico de redes TCP/IP é o SNMP (Simple Network Management Protocol), ao passo que o de redes baseadas no modelo OSI é o CMIP (Common Management and Information Protocol), protocolo este que permite até mesmo gerenciar redes heterogêneas.

O MRTG tem como principal desvantagem o fato de não ser de uso livre, sendo seu preço igual ou mesmo superior ao de outros softwares da concorrência.

O MRTG é um programa codificado totalmente em linguagem C, fato que exige sempre nova compilação após alteração de parâmetros de configuração.

O MRTG, embora de ótima qualidade, tem uma séria limitação em relação a sistemas operacionais: funciona apenas em ambiente UNIX. Desta forma, se um administrador de redes tiver disponível apenas sistemas operacionais Windows, não poderá usufruir das vantagens dessa ferramenta.

Um dos problemas originados de um gerenciamento de redes detalhado é o excesso de registros (logs) a serem armazenados. Uma das formas de resolver tal problema, sem pecar no aspecto de segurança, é dispensar a geração dos registros, substituindo-os pelo acompanhamento pessoal dos administradores de rede.