Criada em 1968, Águas Emendadas teve sua área ampliada em 1988, com o objetivo de protegê-la das pressões resultantes da ocupação humana, quando passou a incorporar, também, a Lagoa Bonita e assumiu o status de Estação Ecológica, em um reconhecimento da sua importância para a preservação do meio ambiente natural do Cerrado.

Situada em área pertencente à região administrativa de Sobradinho, a Estação encontra-se a nordeste do Plano Piloto, fazendo divisa com o estado de Goiás.

O nome da Estação tem uma explicação evidente: dois córregos que ali nascem correm em direções opostas, fenômeno que ocorre em poucos lugares do mundo, e alimentam duas bacias hidrográficas sul-americanas: a do rio São Francisco e a do rio Amazonas.

Uma das marcas registradas da Estação são as veredas tomadas por buritis, situação extremamente rara e que, por isso, chama a atenção de especialistas do mundo inteiro, já que o buriti não é uma planta típica de regiões de cerrado.

Na Estação, é permitida a visitação pública, tendo a região se transformado em um importante polo de turismo ecológico do Distrito Federal, para lá afluindo grande número de pessoas, especialmente nos finais de semana e em períodos de férias, chegando até mesmo a rivalizar com as tradicionais piscinas da "Água Mineral".