O Departamento Nacional de Auditoria do SUS, enquanto componente federal do SNA enfatiza a necessidade de mudanças de paradigmas no que concerne à percepção do auditor em relação ao SUS, em sua responsabilidade de apoiar a gestão, de manter uma conduta permanente de vigilância aos indicadores de saúde e aos resultados das ações. Desse modo, estabelece como principais diretrizes:

I- Capilaridade, descentralização e integração para garantir atuação em todo o território nacional, com divisão e definição de tarefas específicas de cada esfera de gestão do SUS.

II- Integração com outros órgãos das estruturas gestoras do SUS, como planejamento, controle e avaliação, regulação e vigilância em saúde e outros órgãos integrantes do sistema de controle interno e externo.

III- Foco na qualidade das ações e serviços e nas pessoas, com ênfase na mensuração do impacto das ações de saúde, na respectiva aplicação dos recursos, na qualidade de vida e na satisfação do usuário.