A ligação das partículas de ouro coloidal aos anticorpos secundários é reversível e pode ser removida com mudanças de pH.

Anticorpos podem ser conjugados à ferritina, à hemocianina, à enzimas como peroxidase-antiperoxidase ou ao ouro coloidal para a identificação de antígenos e estruturas.

As proteínas de estudo podem ser fusionadas a peptídeos específicos (tais como hemaglutinina-HA, peptídeo V5, calda de histidinas) e anticorpos primários contra tais peptídeos podem ser utilizados para a correta localização destas proteínas de fusão.

Um protocolo geral de imunocitoquímica pode ser descrito na sua sequência de eventos: fixação primária das amostras; incubação com anticorpo primário; lavagem em solução tampão; incubação com anticorpo secundário conjugado com ouro coloidal; lavagem; bloqueio com albumina ou caseína; fixação com ósmio; lavagem e contrastação com condutor e acetato de uranila.

Diferentes proteínas ou antígenos podem ser visualizados na mesma amostra utilizando anticorpos conjugados a partículas de ouro coloidal de diferentes tamanhos (5, 10 ou 20nm).