O músculo perde totalmente a habilidade de se contrair após a morte, por isso o único cuidado necessário é a adequada fixação da amostra.

As amostras devem ser cortadas de forma que resultem em seções com miofibrilas orientadas de forma oblíqua.

A coloração de hematoxilina e eosina (H&E) é a mais indicada para detectar mudanças sutis no tecido, lesões dentro dos nervos intramusculares ou a presença de material acumulado de forma anormal.

Embora seja possível avaliar tecido muscular esquelético fixado em formalina, a morfologia das células e dos componentes celulares é mais bem examinada em amostras congeladas.

Técnicas de coloração como tricrômico de Masson, de von Kossa e do ácido periódico de Schiff não são úteis na análise de tecido muscular esquelético.