Os principais contribuintes para o comprometimento da qualidade das águas superficiais e subterrâneas incluem os efluentes domésticos, rurais e industriais.

A qualidade da água superficial é determinada com a utilização de parâmetros físico-químicos e biológicos. Para se avaliar a qualidade de águas subterrâneas para consumo humano, os parâmetros físico-químicos são suficientes, não sendo necessário utilizar parâmetros biológicos.

Quando comparada às águas superficiais, as vantagens das águas subterrâneas incluem a facilidade de extração perto do local de uso, apesar de o tratamento necessário para o consumo humano ser mais oneroso.

Nas águas subterrâneas, é frequente a presença de cianobactérias e clorofila-a, que pode ser avaliada por meio de análises específicas que utilizem parâmetros biológicos.

Por meio da percolação, as águas subterrâneas são filtradas e purificadas naturalmente, devendo, contudo, passar por tratamento prévio antes de serem utilizadas para o consumo humano.