Os sistematas moleculares mantêm coleções de espécimes e/ou tecidos congelados em freezers ou câmaras ultrafrias, além das coleções tradicionais.

Um único exemplar animal pode ser preservado de diferentes maneiras, como esqueleto preparado, pele taxidermizada e tecidos congelados, que constituem registros e dados completamente independentes e que não se cruzam.

O melhor método para o armazenamento de amostras durante o uso de técnicas moleculares é a conservação a frio em nitrogênio líquido.

Para incorporar na coleção animais conservados a seco com alguma suspeita de contaminação, em especial por agentes biológicos, devem-se submetê-los a quarentena de congelamento a -20 ºC por 48 horas.

Crânios e esqueletos necessitam de limpeza antes da incorporação na coleção, geralmente feita através da fervura em água para a retirada mecânica da musculatura ou por besouros dermestídeos.