A Auditoria Interna está vinculada diretamente à Diretoria da ANEEL.

É propósito básico da Auditoria Interna apoiar e assessorar a gestão quanto ao controle da legalidade e conformidade dos atos administrativos e na melhoria da qualidade dos processos organizacionais da ANEEL.

A Auditoria Interna deverá proceder a avaliações sistemáticas dos procedimentos da ANEEL, tendo como base exclusiva os referenciais fixados pela Diretoria da Agência.

O Auditor Interno é nomeado pela Diretoria e participa do Comitê de Planejamento Estratégico apenas eventualmente e na condição de convidado.

Exercer a interface institucional com entidades externas de controle não é atribuição da Auditoria Interna, que fica limitada, nesse tema, a otimizar a execução de auditorias efetuadas na ANEEL.