A metodologia mais sensível para a realização do exame de eletroforese de hemoglobina, no teste do pezinho, segundo o Programa Nacional de Triagem Neonatal, é pela técnica de gel de agarose.

O exame de eletroforese de hemoglobina é indicado unicamente para confirmar se o paciente é portador de doença falciforme.

A eletroforese de proteína é um dos exames solicitados para monitorar algumas patologias, como mieloma múltiplo e síndrome nefrótica.

A eletroforese de lipoproteína é solicitada em suspeita de casos de talassemia alpha minor.

O exame de eletroforese de hemoglobina permite investigar a patologia macroglobulinemia de Waldenstrom.