A imersão dos endoscópios em glutaraldeído a 2% por, pelo menos, dez minutos é suficiente para alcançar a esterilização de alto nível.

O uso de sistemas Automáticos de Reprocessamento de Endoscópios (AERs) é recomendado para padronizar e garantir a eficácia do processo de desinfecção de alto nível.

Os acessórios endoscópicos descartáveis devem ser reutilizados após a desinfecção de alto nível, desde que sejam devidamente inspecionados e não apresentem danos visíveis.

A limpeza manual dos canais internos dos endoscópios antes da desinfecção automática é desnecessária, pois os AERs são capazes de remover todos os resíduos orgânicos e micro-organismos.