O álcool é uma causa conhecida de defeitos congênitos e deficiência intelectual e seu consumo deve ser limitado a uma dose por semana durante a gestação.

Como os defeitos congênitos são de etiologia exclusivamente genética, é impossível a sua prevenção primária.

A suplementação de ácido fólico periconcepcional está indicada na prevenção dos defeitos de redução de membros.

A imunização contra a rubéola, a orientação quanto ao planejamento da gestação evitando o uso de teratógenos e um acompanhamento pré-natal adequado são medidas simples que reduzem o risco de defeitos congênitos.

A idade materna avançada aumenta o risco de defeitos congênitos apenas em primíparas.