Todas as informações do Portal da Transparência são obtidas dos sistemas estruturadores e informatizados da Administração Pública Federal, como o Sistema Integrado de Administração Financeira do Governo Federal (SIAFI). De qualquer forma, mesmo órgãos e entidades que não utilizam o SIAFI também têm seus dados publicados no Portal.

O Portal da Transparência é uma iniciativa da CGU que apresenta os dados que estão sob a sua competência, responsável pelo controle sobre todo o governo federal (Poder Executivo, Poder Legislativo Federal e Poder Judiciário Federal).

Estão disponíveis no Portal os valores das transferências feitas pela União aos Estados e Municípios, assim como os dos convênios. Os dados relativos a receitas e despesas próprias de Estados e Municípios também estão contemplados no site.

Há informações sobre recursos públicos gerenciados pelo Governo Federal que o Portal da Transparência não pode divulgar, pois no Brasil existe legislação que regula o sigilo sobre determinados dados.

A Controladoria-Geral da União faz – a pedido do órgão de origem – uma classificação em relação ao sigilo de informações publicadas no Portal da Transparência. Essa informação – se um dado é sigiloso ou não – cabe ao próprio órgão gestor dos recursos, do qual provêm as informações que alimentam o Portal, destacar quais as informações que gostaria de considerar como sigilosas. Feita a identificação, a CGU faz a classificação do grau de sigilo da informação. Contudo, apesar de não serem detalhadas no Portal, as ações classificadas como sigilosas são todas passíveis de fiscalização pelos órgãos de controle, inclusive pela própria CGU para averiguar se há razoabilidade no pedido e na classificação feita pela CGU.