A farmácia magistral deve proceder a qualificação do fabricante/fornecedor utilizando, no mínimo, os critérios de comprovação de regularidade perante a autoridade sanitária competente, de auditoria para verificação das Boas Práticas de Fabricação ou de Fracionamento e Distribuição de insumos, de avaliação do histórico de fornecimento anteriores, de realização de análises de controle de qualidade, feitas pela farmácia, e de avaliação dos laudos analíticos apresentados.