Na técnica de transgenia clássica, são obtidos camundongos knock in ou knock out, utilizados para o estudo funcional de genes-alvo.

Na técnica de transgenia clássica, a incorporação do transgene ocorre por recombinação homóloga, após a inserção do DNA no pronúcleo masculino do oócito secundário.

Na técnica de injeção em blastocisto, a integração do transgene ocorre sempre em sítios aleatórios do genoma.

Na transgenia clássica, a sequência a ser seguida é: superovulação, acasalamento natural (machos férteis e inférteis), isolamento de zigoto, microinjeção do transgene no blastocisto, transferência para tuba uterina da receptora, identificação dos fundadores transgênicos e estabelecimento de várias linhagens.

No método de injeção de blastocisto, célulastronco embrionárias são modificadas e microinjetadas em blastocistos que são transferidos para o útero de receptoras; após o nascimento, é feita a identificação dos fundadores transgênicos e o estabelecimento de várias linhagens.