O conceito de barreira sanitária exclui as barreiras externas (paredes externas, portas com exterior, telhado, tratamento de água etc.) e as internas (climatização), considerando apenas aquelas barreiras ligadas à esterilização de materiais, filtragem do ar, acondicionamento de resíduos.

A barreira sanitária compreende um conjunto de elementos físicos, químicos, de instalações, de procedimentos de pessoal e uso de equipamentos, que tem como única função impedir a saída de agentes indesejáveis que estejam no interior do biotério.

As barreiras de proteção de um biotério compreendem vários elementos físicos, químicos e biológicos, que tem como função, somente filtrar o ar e a esterilização de materiais.

As barreiras devem ser padronizadas para todos os tipos de biotérios, independentemente da espécie do modelo animal, quantidade de animais, tipos de materiais, fluxos e exigência microbiológica.

As barreiras visam impedir que agentes indesejáveis, presentes no meio ambiente, tenham acesso às áreas de criação, manejo ou experimentação animal, bem como impedir que agentes patogênicos em teste possam se dispersar para o exterior do prédio.