Podem haver falsos-positivos IgM por contaminação com sangue materno.

Ausência de IgM mesmo na presença de altos títulos de IgG ao nascimento exclui o diagnóstico de toxoplasmose congênita.

Na criança tratada, a detecção dos anticorpos IgG naturalmente produzidos pode ser verificada somente após seis meses, sendo recomendada a sua monitorização até um ano de idade.

Embora os anticorpos IgG maternos transferidos passivamente para o feto tenham meia-vida de, aproximadamente, um mês, eles podem ser detectados na criança por diversos meses, geralmente desaparecendo completamente com um ano de idade.

A produção dos anticorpos IgG na criança infectada e não tratada, geralmente é detectável em torno de 3 meses após o nascimento; dessa maneira, o declínio dos títulos observado ao nascimento até esse período não permite afirmar que a criança não seja infectada.