O processo é utilizado para selecionar oligonucleotídeos de RNA capazes de se ligarem fortemente a um alvo molecular específico.

As sequências da biblioteca que não apresentam afinidade pelo ligante alvo são removidas pela técnica de cromatrografia por troca-iônica.

A biblioteca de oligonucleotídeos empregada na técnica SELEX consiste em sequências específicas de DNA complementar geradas por sintetizadores.

Os aptâmeros são oligonucleotídeos com baixa afinidade com as moléculas alvo e que, após a seleção negativa pela resina da coluna, são submetidos a um processo de enriquecimento utilizando a enzima DNA-polimerase.