É marcada pela criação de vários instrumentos de fomento ao desenvolvimento tecnológico, com a concessão de incentivos fiscais e subvenções econômicas destinadas ao custeio de projetos, a fim de promover o desenvolvimento do país.

Nesse período foram criados 16 fundos setoriais de Ciência e Tecnologia, como instrumentos de financiamento de projetos de pesquisa, desenvolvimento e inovação. Sendo 14 relativos à setores específicos e 2 transversais.

Nesse período, a Lei de Inovação consolida os incentivos fiscais para as pessoas jurídicas que realizam pesquisa tecnológica e desenvolvimento de inovação tecnológica, de acordo com os conceitos apresentados no Decreto nº 5.798/2006, ao passo que a Lei do Bem representa um amplo conjunto de medidas, que tem como objetivo principal agilizar a transferência do conhecimento gerado no ambiente acadêmico para a sua apropriação pelo setor produtivo, estimulando a cultura de inovação e contribuindo para o desenvolvimento industrial do país.

Em 2004, foi lançada a Política Industrial, Tecnológica e de Comércio Exterior (PITCE), que foi responsável por duas legislações de alta relevância na história de apoio à inovação no Brasil: Lei nº 10973 (Lei de Inovação), de 2 de dezembro de 2004, e Lei nº 11.196 (Lei do Bem), de 21 de novembro de 2005.

Nesse período, dos dois fundos transversais criados, um é voltado à interação universidade-empresa (CT FVA, Fundo Verde e Amarelo), enquanto o outro foi destinado a apoiar a melhoria da infraestrutura de instituições de Ciência e Tecnologia (CT INFRA – Fundo de Infraestrutura).