A maioria, cerca de 70%, é decorrente da infecção das glândulas de Chiari localizadas no espaço interesfincteriano.

As fístulas interesfincterianas são o tipo mais comum.

A maioria das fístulas anorretais é de causa específica, como doença de Crohn, tuberculose, linfogranuloma venéreo, empalamento e colite ulcerativa.

Nas fístulas em ferradura, observam-se 2 orifícios externos laterais ao orifício anal, e o orifício interno localiza-se na linha média posterior.

Nos casos em que não se identifica o orifício externo ou interno, essas fístulas são chamadas de incompletas.