Dificuldade para aprovação de licenças ambientais, principalmente pela falta de definição clara do objeto a ser licenciado e pela falta de entendimento comum acerca dos conceitos técnicos relacionados ao transporte hidroviário.

A navegação nas hidrovias brasileiras é prejudicada exclusivamente pela inexistência de execução dos serviços contínuos de dragagem, sinalização e balizamento pelos operadores.

A obstrução de vias navegáveis por barragens construídas com o objetivo de geração de energia elétrica, o que inviabiliza tecnicamente a construção de eclusas para sua transposição.

De forma geral, o transporte hidroviário não apresenta vantagens ambientais e econômicas sobre os demais, notadamente quando se trata da movimentação troncal de grandes quantidades de carga por longas distâncias.

O setor de transporte hidroviário possui nível suficiente de detalhamento das informações sobre os rios brasileiros, como o conhecimento dos níveis históricos de água e dados batimétricos em rios e lagos, sendo o maior problema a captação de recursos para a realização de obras para regularização das hidrovias.