A antibioticoterapia deve ser iniciada tão logo se receba o resultado da urocultura, identificando o agente etiológico.

A quimioprofilaxia está indicada em situações como, por exemplo, na presença de refluxo vesicoureteral e durante a investigação morfofuncional do trato urinário após o primeiro episódio de ITU.

O tempo médio de duração do tratamento com antimicrobianos é de três a cinco dias.

As bactérias que mais frequentemente causam ITU em crianças sem alterações do trato urinário são as Pseudomonas sp, as quais são facilmente erradicadas mediante tratamento com nitrofurantoína.

Para os recém-nascidos que apresentarem ITU por cândida, está absolutamente contraindicado o uso de anfotericina e fluconazol.