Com a oficialização do Curso de Teologia e das Ciências da Religião pelo Ministério da Educação acendeu-se a discussão sobre a caracterização da Teologia e das Ciências da Religião como áreas distintas do saber. Independentemente da posição de qualquer resolução oficial, há real diferença entre a natureza do saber teológico e o da Ciência da Religião: