O diretório WebContent armazena o conteúdo raiz do aplicativo Web. Nesta pasta deve-se incluir, por exemplo, as páginas HTML, jsp e css e as imagens.

O web.xml é o arquivo onde ficarão armazenadas configurações relativas a sua aplicação, tais como: mapeamento de uma URL específica para uma servlet; configuração de uma página de erro, caso aconteça uma Exception e tratamento de códigos de erro HTTP.

Todo projeto web Java tem que possuir o diretório WEB-INF, que é acessível tanto via Web como internamente. Essa pasta armazena os arquivos de configuração, bibliotecas e classes.

O Java Resources fornece acesso aos arquivos compilados (.class) do projeto, incluindo todos os packages da aplicação.