A água utilizada nas preparações farmacêuticas deverá ser filtrada e deve ter sua cor e odor documentados e arquivados.

Para os produtos acabados, os testes mínimos exigidos no controle de qualidade incluem a verificação do pH e do peso médio. No caso de formulações líquidas não estéreis, é necessário também realizar a contagem total de bactérias.

O controle de qualidade de matérias-primas avalia características organolépticas, solubilidade, pH, peso, volume, ponto de fusão, densidade e laudo do fornecedor.

Os rótulos dos medicamentos produzidos na farmácia de manipulação devem conter o nome do paciente, o prazo de validade, os componentes da fórmula e o nome do técnico de farmácia responsável pela produção.