As etapas que compõem o ciclo de esterilização são: admissão de vapor, período de esterilização, drenagem de vapor, secagem e resfriamento do material no interior da câmara.

A higienização de parede, piso, prateleiras, carrinho de transporte e outros utensílios usados na área limpa deve ser feita ao menos uma vez por semana. O ideal é validar a higienização por meio de inspeção visual e coletas de swabs em pontos estratégicos, que depois devem ser semeados em meio de cultura para verificar se não há crescimento de micro-organismos patogênicos.

A troca periódica de filtros, válvulas e diafragma das autoclaves, de acordo com um calendário pré-estabelecido e a distribuição correta dos materiais na autoclave, se realizados, garantem a eficácia do processo de esterilização.

A presença de compostos orgânicos promove desativação de qualquer desinfetante utilizado em biotérios, pois funciona como barreira, impedindo o contato do desinfetante com o material.