Segundo a lei processual penal militar, o princípio da imediatidade é aplicado aos processos cuja tramitação esteja em curso, ressalvados os atos praticados na forma da lei processual anterior. Caso a norma processual penal militar posterior seja, de qualquer forma, mais favorável ao réu, deverá retroagir, ainda que a sentença penal condenatória tenha transitado em julgado.

O CPPM dispõe expressamente a aplicação de suas normas, em casos específicos, fora do território nacional ou em lugar de extraterritorialidade brasileira. Nesse ponto, o CPPM difere do CPP.

O sistema processual penal castrense veda, em qualquer hipótese, o emprego da interpretação extensiva e da interpretação não literal.

Se, na aplicação da lei processual penal militar a caso concreto, houver divergência entre essa norma e os dispositivos constantes em convenção ou tratado de que o Brasil seja signatário, prevalecerá a regra especial da primeira, salvo em matéria de direitos humanos.

Os casos omissos na lei processual penal militar serão supridos pelo direito processual penal comum, sem prejuízo da peculiaridade do processo penal castrense. Nesses casos, o CPPM impõe que haja a declaração expressa de omissão pela corte militar competente, com quorum qualificado.