a Secretaria Federal de Controle Interno, como órgão central, incumbido da orientação normativa e da supervisão técnica dos órgãos que compõem o sistema, sem prejuízo da subordinação ao órgão em cuja estrutura administrativa estiverem integrados.

o Tribunal de Contas da União, como órgão auxiliar do Poder Legislativo, encarregado de fiscalizar a aplicação de quaisquer recursos repassados pela União mediante convênio, acordo, ajuste ou outros instrumentos congêneres, a Estado, ao Distrito Federal ou a Município.

a Controladoria-Geral da União, como órgão central, incumbido da orientação normativa e da supervisão técnica dos órgãos que compõem o Sistema.