A arqueologia histórica no Brasil foi fortemente influenciada pela norte-americana, durante a ditadura militar, tendo como preocupação os vestígios dos grandes monumentos dos colonizadores, tais como as fortificações.

A arqueologia histórica das missões jesuíticas desenvolveu-se a partir de 1980 e teve como preocupação os vestígios arqueológicos da interação entre indígenas e europeus.

A partir de 1990, os estudos se voltaram para os grupos subalternos, tendo destaque os estudos sobre os quilombos.

As pesquisas em áreas urbanas ainda são incipientes, dividindo-se em dois polos de análises: arqueologia “da” cidade e arqueologia “na” cidade.

Entende-se por arqueologia “na” cidade aquela que considera que uma área ou grupo dentro de uma cidade não pode ser o único objeto de estudo. Ela é sistêmica onde o sitio é considerado um elemento de um sistema mais amplo.