Na cristalografia de Raio X, não há limite para o tamanho das proteínas em estudo, desde que elas sejam cristalizadas.

Para NMR, é necessário que a proteína em estudo esteja em solução e que esta não apresente um tamanho molecular muito superior a 30kDa.

Apenas a técnica de NMR permite a análise de interações proteínas:proteínas ou proteínas:ligantes.

Na NMR, a solubilidade da proteína é um parâmetro crítico.

Durante a análise de Cristalografia de raio X, as amostras (cristais) podem sofrer danos em função da radiação aplicada, enquanto nas análises de NMR, as amostras não são danificadas durante o experimento.