Muitas doenças incidem sobre o cafeeiro nas fases de viveiro e campo. A ferrugem causada pela Hemileia vastatrix é a mais grave, porém seu controle pode ser feito com a aplicação de inseticidas químicos.

Para se controlar a broca do café (Hipothenemus hampei), é necessário que a colheita e a limpeza sejam bem feitas de maneira que os frutos não permaneçam na árvore e no chão.

O controle de plantas daninhas deve ser feito para reduzir a concorrência das ervas com as plantas de café cultivadas.

Deve-se evitar o plantio imediato de cafezais novos onde foram erradicados cafezais velhos infectados, tomando cuidado com as mudas, que devem sofrer inspeção por técnicos especializados.

A aplicação de nematicidas parece conferir boa proteção ao sistema radicular do cafeeiro, entretanto tais produtos necessitam de cuidados na aplicação, pois podem deixar resíduos tóxicos no solo.