Na teoria da menstruação retrógrada, as células endometriais viáveis seriam disseminadas na cavidade peritoneal e desenvolveriam tecido endometrial viável e ativo;

Na teoria da metaplasia celômica, células totipotenciais sofreriam transformação, desenvolvendo tecido endometriótico. Essa teoria seria capaz de explicar a endometriose em órgãos distantes, como o pulmão, porém, apresenta dificuldades em explicar como as células sofreriam transformação capaz de gerar tecido viável;

A teoria dos restos embrionários propõe que remanescentes dos ductos de Müller, por ação de mediadores da reação inflamatória ou uma intermediação permissiva do sistema imune, transformam-se em focos de tecido endometriótico;

A teoria da metástase linfovascular define que células endometriais viáveis são enviadas a sítios distantes e desenvolvem focos de endometriose;

Na teoria das células-tronco acredita-se que durante o período embrionário ocorre a migração de células-tronco ativas capazes de se associar a células de endométrio tópico, demonstrando um possível papel dessas células na origem de focos de tecido endometrial ectópico.