O sistema federal de ensino é composto também pelas instituições federais de ensino superior.

As IES criadas pelo Poder Público estadual, distrital ou municipal e mantidas por pessoas jurídicas de direito privado e as IES qualificadas como instituições comunitárias, nos termos da Lei nº 12.881, de 12 de novembro de 2013, sujeitam-se ao sistema federal de ensino.

Homologar os pareceres do CNE em pedidos de credenciamento, recredenciamento e descredenciamento de IES compete ao Ministro de Estado da Educação.

As IES credenciadas para oferta de cursos de graduação podem oferecer cursos de pós-graduação stricto sensu na modalidade em que são credenciadas, nos termos da legislação específica.

As instituições que ofertam exclusivamente cursos ou programas de pós-graduação stricto sensu reconhecidos pelo Ministério da Educação podem oferecer cursos de pós-graduação lato sensu nas modalidades presencial e a distância, nos termos da legislação específica.