Cabe ao CEP avaliar e acompanhar os protocolos de pesquisa em áreas temáticas especiais como: genética e reprodução humana; novos equipamentos; dispositivos para a saúde; novos procedimentos; população indígena; projetos ligados à biossegurança e como participação estrangeira.

A CONEP está diretamente ligado ao Conselho Nacional de Saúde (CNS), elabora e atualiza as diretrizes e normas para a proteção dos sujeitos de pesquisa e coordena a rede de Comitês de Ética em Pesquisa das instituições.

A CONEP foi criada como uma instância colegiada, de natureza consultiva, educativa e formuladora de diretrizes. É dependente de influências corporativas e institucionais.

O SISNEP Sistema Nacional de Informações sobre Ética em Pesquisa envolvendo Seres Humanos consiste em ferramenta de controle social sobre as pesquisas relacionadas às ciências da saúde. Atua essencialmente como banco de dados para mapeamento de pesquisas no setor.

Somente as pesquisas realizadas em áreas temáticas especiais como: genética e reprodução humana são obrigadas a apresentar projetos de pesquisas a apreciação de CEP registrado no CONEP.