O fluxo de energia e a eficiência de sua transferência descrevem certos aspectos da estrutura de um ecossistema, ou seja, o número de níveis tróficos, a importância relativa de detritívoros e herbívoros, valores de equilíbrio de biomassa e detritos e as taxas de troca de matéria orgânica.

A compreensão do funcionamento do ecossistema foi defendida por Lindeman, que construiu o mais recente balanço energético para uma pequena comunidade biológica.

Os estudos acerca de fluxo de energia nos ecossistemas não são bem aceitos pela comunidade científica.

Os materiais orgânicos produzidos dentro do sistema são denominados de produção alóctones, enquanto que, aqueles gerados fora do sistema são chamados de autóctones.

A bioenergética é responsável pelo pequeno fluxo energético disponível dentro de cada sistema, impedindo a alocação de energia pelas cadeias alimentares.