Para que o processo de purificação de uma proteína recombinante tenha sucesso é importante saber o máximo de informações possíveis sobre a proteína-alvo e de seus contaminantes. Com posse de informações como: massa molecular, ponto isoelétrico, coeficiente de absortividade molar, estabilidade, estado oligomérico etc. É possível combinar diferentes técnicas cromatográficas para aumentar o grau de pureza da proteína-alvo, em relação aos seus possíveis contaminantes. Para a captura, purificação intermediária e refinamento do grau de pureza de uma determinada proteína deve ser utilizadas, de forma sequencial, as seguintes técnicas cromatográficas: