Uma boa prática desempenhada por usuários experientes durante a aquisição de imagens digitais é o ajuste de parâmetros para otimizar contraste, resolução e tamanho final da imagem digital para gerenciamento de dados. Considerando o tamanho da estrutura que se deseja resolver, o contraste por ela gerado e os limites ópticos do microscópio x amostra utilizada (resolução final da imagem), de modo geral podemos dizer que: