Em todas as MPSs em que o heparan sulfato e o queratan sulfato são os glicosaminoglicanos que acumulam no lisossomo, pode-se ter manifestação clínica envolvendo o sistema nervoso central. São essas doenças as MPSs I, II, VII e III.

Hérnias inguinais e umbilicais recorrentes são frequentes achados nas MPSs I, II e IV e, provavelmente, estão relacionadas a anormalidades no tecido conjuntivo, devido ao acúmulo de sulfato de dermatan em combinação com aumento da pressão intra-abdominal, como resultado de hepatoesplenomegalia.

Disostose multiplex é um termo usado para descrever a doença esquelética associada à MPS e consiste em um conjunto de anormalidades radiográficas, resultantes de crescimento endocondral e membranoso defeituoso por todo o corpo. Normalmente, o crescimento dos ossos longos é prejudicado, corpos vertebrais são hipoplásicos e com formato anormal, o que pode resultar em cifose com ou sem escoliose.

Opacificação da córnea, provavelmente, ocorre como resultado do acúmulo de GAGs em ceratócitos; é uma característica comum em MPSs I, II, VI e VII, mas também pode ser detectada em pacientes com IVA e nunca em pacientes com MPS III. A doença do nervo óptico é um achado muito raro na MPS.

Cardiomiopatia hipertrófica é a manifestação cardiológica mais frequente nas MPSs, seguida de alterações valvares (mitral e aórtica), levando a disfunções, como a insuficiência e/ou estenose, sendo mais comum nas MPSs I, III, VI.