A biobalística é um método de transformação indireta, na qual realiza-se o bombardeamento de explantes por micropartículas revestidas de material genético de interesse.

A etapa inicial de transformação genética compreende a identificação, isolamento e caracterização do gene de interesse, que ocorre prioritariamente com a prospecção e localização desse gene em espécies próximas taxonomicamente do organismo a ser transformado.

A estratégia baseada na patogenicidade da Agrobacterium é um método indireto, que utiliza um processo natural de transferência de genes da bactéria e que depende da interação entre a Agrobacterium e a planta a ser transformada.

A hibridação, método amplamente utilizado, é o processo de obtenção de OGMs que consiste no cruzamento entre dois indivíduos que divergem geneticamente, a fim de reunir em um indivíduo (híbrido) as características favoráveis que existem separadamente nos genitores.