Tanto na parede celular secundária quanto na primária, as microfibrilas mostram um elevado grau de organização.

Dentre as principais alterações que ocorrem na estrutura da parede celular secundária, as pontuações e as perfurações estão diretamente relacionadas à permeabilidade da madeira.

Os ângulos microfibrilares das camadas S2 e S3 se equivalem, apesar de a camada S2 ser muito mais espessa.

Quanto maior o ângulo microfibrilar da camada S2, maior será a resistência à tração da madeira.

Geralmente, na madeira, a parede secundária é composta por quatro camadas bem distintas no que diz respeito à espessura e ao ângulo das microfibrilas.