A inoculação de um vírus em um grupo de plantas indicadoras pertencentes a diferentes espécies e famílias botânicas possibilita a identificação em nível de gênero, mas não viabiliza a identificação de sua espécie.

A enxertia de seções de uma planta infectada em tecidos de uma planta sadia é empregada para os casos de diagnose de patógenos sistêmicos, patógenos restritos ao floema ou ainda quando não se consegue uma transmissão pela seiva vegetal.

A diagnose indireta, com a cuidadosa observação e identificação de sinais do patógenos ao microscópio, ainda pode ser realizada em uma investigação segura sobre a interferência de causas bióticas ou abióticas associadas a uma doença.

A reação de polimerase em cadeia (PCR) é a técnica molecular mais utilizada para a diagnose de fitopatógenos de DNA devido à sua eficiência, rapidez e sensibilidade. Para obter maior precisão na diagnose de um patógeno utilizam-se de primers degenerados ou universais.

A diagnose de fitobactérias pode ser realizada utilizando tanto testes biológicos em plantas indicadoras como, mais precisamente, a PCR com primers específicos ou universais. Variações da PCR, como RFLP, microssatélites, porém, não possibilitam conhecer a diversidade genética desses organismos procariotas.