Quanto aos sistemas de incentivos, a teoria clássica privilegiava os incentivos materiais e salariais, enquanto que a teoria weberiana privilegiava os incentivos sociais e simbólicos.

A teoria clássica preocupou-se com detalhes, como a amplitude ótima, a alocação de autoridade e responsabilidade, números de níveis hierárquicos, grupamento de funções etc, enquanto a teoria de Weber preocupou-se mais com os grandes esquemas de organização.

Quanto ao método, os autores clássicos utilizaram uma abordagem predominantemente dedutiva, enquanto Weber é essencialmente indutivo.

A teoria clássica refere-se quase que exclusivamente à moderna organização industrial, enquanto a teoria de Weber é parte integrante de uma teoria geral da organização social e econômica.

A teoria clássica apresenta uma orientação francamente normativa, prescritiva, enquanto a orientação de Weber é mais descritiva e explicativa.