Doenças como aspiração de líquido amniótico ou meconial, angústia respiratória aguda e suas sequelas, doença da membrana hialina, displasia broncopulmonar e obstruções funcionais são contraindicações absolutas para a realização de fisioterapia.

A postura prona com relação à supina otimiza a mecânica ventilatória de neonatos com insuficiência respiratória.

A vibração torácica é uma técnica segura para ser utilizada nos neonatos, em especial nos prematuros de baixo peso com pneumotórax.

O bag squeezing é uma técnica utilizada com frequência em pacientes neonatos e seu uso não apresenta contraindicações.