O Tribunal de Contas da União não tem competência para fiscalizar, em quaisquer hipóteses, pessoas jurídicas privadas, porque investigá-las é atribuição do Ministério Público e/ou da polícia judiciária competentes.

O Tribunal de Contas da União não pode realizar, por iniciativa própria (de ofício), inspeções e auditorias, mas apenas mediante provocação da Câmara dos Deputados, Senado Federal e de suas respectivas comissões técnicas ou de inquérito ou, ainda, mediante denúncia de partido político com representação no Congresso Nacional.

O Tribunal de Contas da União não tem competência para realizar inspeções e auditorias de natureza contábil, financeira, orçamentária e patrimonial nas unidades administrativas do Poder Judiciário, porque essa é uma atribuição de competência do Conselho Nacional de Justiça.

Em razão do princípio federativo, em nenhuma hipótese o Tribunal de Contas da União poderá fiscalizar a atuação de Estados, Distrito Federal ou Municípios.

Embora não seja órgão pertencente ou vinculado ao Poder Judiciário, o Tribunal de Contas da União poderá aplicar, aos responsáveis por ilegalidade de despesa ou irregularidade de contas, sanções previamente definidas em lei, e as decisões do Tribunal que estipulem imputação de débito ou multa terão eficácia de título executivo.