Desde a década de 1990, por meio de técnicas da transgenia, a uma planta podem ser inseridos fácil, simultaneamente e em poucos anos, genes que conferem sanidade a várias doenças ao mesmo tempo, sendo mais comum para as viroses, cujo controle convencional com agroquímicos inexiste.

Uma grande vantagem da transgenia sobre o melhoramento convencional é possibilitar a transferência de características (genes) de plantas não relacionadas (sexualmente incompatíveis), como também genes de animais e de microrganismos. No Brasil, genes oriundos de fitobactérias lideram as transformações de plantas com vários casos de sucesso.

A transgenia viabiliza a obtenção de cultivares resistentes a patógenos quando não existem fontes de resistência no germoplasma da espécie. O mamoeiro resistente ao Papaya ringspot virus (PRSV-P) foi obtido no Havaí com a introdução de partes do gene que codifica a capa proteica viral, estratégia conhecida no melhoramento como resistência induzida.

O bombardeamento ou biobalística, é um dos métodos para inserir genes de resistência no processo de transformação de plantas. Por meio de aceleração, micropartículas de metal carregando o DNA atravessam a parede celular e a membrana plasmática. Quando ocorre a transformação de cloroplastos, as plantas apresentarão tons de verde mais intenso pela expressão de genes que indiretamente aumentam da atividade da clorofila.

A partir da obtenção de uma planta transgênica para uma determinada característica (gene), a obtenção de outras plantas, denominadas de variedades transgênicas, segue os mesmos procedimentos adotados em um programa convencional de melhoramento, ou seja, com o cruzamento da planta transgênica com diversas variedades e selecionando as progênies superiores.