Para a teoria das células-tronco, células totipotentes endometriais seriam transportadas via menstruação retrógrada, disseminação vascular ou linfática na cavidade endometrial para desenvolver lesões endometriais.

De acordo com a teoria da menstruação retrógrada, tecido peritoneal é implantado no endométrio.

Para a teoria da metaplasia celômica, a endometriose surge pela metaplasia de células do peritônio devido a estímulos exclusivamente hormonais.

A predisposição de mulheres à endometriose está mais relacionada com uma redução do fluxo menstrual na cavidade peritoneal.

O fato de o peritônio e o endométrio terem diferentes origens embrionárias fez com que a teoria da metaplasia celômica fosse descartada.